Linux常用命令和超算中PBS常用命令

自己的Linux和PBS使用笔记，贴在这里。

一、Linux常用命令

1. 最常用

ls（英文全拼：list files）：列出目录及文件名
ls -l：列出目录及文件名的详细信息
ls -a：可看的隐藏文件
ls -al：可看到隐藏文件和详细信息
cd（英文全拼：change directory）：切换目录
cd .. ：返回上一级
cd 文件夹名：进入某个文件夹
cd ../文件夹名：进入上一级目录中的某个文件夹
pwd（英文全拼：print work directory）：显示目前的目录
mkdir 文件夹名（英文全拼：make directory）：创建一个新的目录
rmdir 文件夹名（英文全拼：remove directory）：删除一个空的目录
cp xxx xxx（英文全拼：copy file）: 复制文件或目录
mv xxx xxx（英文全拼：move file）: 移动文件或目录，或修改文件或目录的名称
rm（英文全拼：remove）: 删除文件
rm -r 文件夹名：递归删除某目录
clear：清空terminal的所有内容（或者使用Ctrl+L）
tab按键：补充完整文件名或文件夹名

2. 次常用

vim/vi 某文件 （编辑文件）
nano 某文件 （编辑文件）
touch 文件 （新建空文件）
cat 某文件（连接文件并显示到标准输出设备上）
sudo -s （切换到root模式）
exit （退出root模式等）
sudo chmod -R 755 文件名/文件夹名 （获取文件/文件夹的755权限）
chown [用户] [文件或目录] （改变文件或目录的所有者）
chgrp [用户组] [文件或目录] （改变文件或目录的所属组）
make （编译成.exe）
wget（从网络上下载文件）
wget -t 0 -c （支持自动重连下载）

3. 解压/解包

• tar文件 （注：tar是打包，不是压缩！）
  解包：tar xvf FileName.tar
  打包：tar cvf FileName.tar DirName
• .gz文件
  解压1：gunzip FileName.gz
  解压2：gzip -d FileName.gz
  压缩：gzip FileName
• .tar.gz 和 .tgz文件
  解压：tar zxvf FileName.tar.gz
  压缩：tar zcvf FileName.tar.gz DirName

4. 安装和卸载deb软件包

安装：sudo dpkg -i deb文件
查看：sudo dpkg -l
卸载：sudo dpkg -r 软件名

5. 其他

查看IP地址：ifconfig
重启：reboot

参考资料：

[1] Linux 教程
[2] Linux常用命令
[3] linux中tar命令的用法
[4] 全网最全Linux命令总结

二、vim/vi里的操作

:q 退出
:wq 保存并退出
:w 保存
:q! 强行退出（不保存退出）
:w! 强行保存
i 进入编辑，转为输入模式（光标前面）
a 进入编辑，转为输入模式（光标后面）
o 进入编辑，转为输入模式（光标下方新建一行）
Esc 退出i（插入）命令

三、超算中PBS常用命令

pbsnodes （查看所有节点）
pbsnodes -l free （查看空闲节点）
pbsnodes 某节点 （查看某节点状态）
ssh 某节点 （转到某节点）
exit （离开节点）
qsub 文件名.pbs/sh （提交任务）
qstat （列出队列）
qstat -a （列出队列的详细信息）
qstat -q （列出节点信息）
qstat -n （列出队列中使用的节点）
qstat -f jobid （查看jobid任务的详细信息）
qdel jobid （取消任务）

另外，Slurm调度系统的默认提交作业命令为：sbatch，而不是qsub。有些超算只支持sbatch。

四、其他

1. Linux环境变量

• 方法1：修改/etc/environment文件（对所有用户有效）
• 方法2：修改.bashrc文件（对当前用户有效）

参考资料：Linux PATH 作用以及查看和修改方法_haozhepeng的专栏

2. Linux开机自启

sh文件中包含：

#!/bin/bash
#chkconfig: 2345 80 90
#description:auto_run

sh文件移动到/etc/init.d后，分别输入命令：

• chkconfig --add xxx.sh
• chkconfig --list   
• chkconfig xxx.sh on 
• service xxx.sh start

参考资料：linux 开机启动 .sh 文件 - 自己的太阳 - 博客园

3. sh文件

提交任务，执行a.py。a.sh文件为：

#!/bin/sh
#PBS -N task
#PBS -l nodes=1:ppn=1
export OMP_NUM_THREADS=1
python a.py

如果是执行a.exe文件，a.sh文件修改为：

#!/bin/sh
#PBS -N task
#PBS -l nodes=1:ppn=1
export OMP_NUM_THREADS=1
./a.exe

有时候需要加上“cd $PBS_O_WORKDIR”，定位到工作目录中才可以找到a.py文件。a.sh文件修改为：

#!/bin/sh
#PBS -N task
#PBS -l nodes=1:ppn=1
cd $PBS_O_WORKDIR
export OMP_NUM_THREADS=1
python a.py

如果使用集群或者超算，存在多个队列，可能还需要加上队列的名字，如“#PBS -q debug”。a.sh文件修改为：

#!/bin/sh
#PBS -N task
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q debug
cd $PBS_O_WORKDIR
export OMP_NUM_THREADS=1
python a.py

4. makefile文件

makefile文件（用于编译fortran文件，只对该软件路径有效，仅作参考）

INC := -I/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/include/intel64/lp64
LIB := -L/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/lib/intel64
mpi:= -I/public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/include /public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/lib -lmpich -limf -lsvml -lintlc 
src:=Console1
exec:=a
all: $(src).f90
ifort  $(src).f90  $(INC) $(LIB) -openmp -lmkl_intel_lp64 -Wl,--start-group -lmkl_intel_thread -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_core -lmkl_blas95_lp64  -Wl,--end-group -liomp5 -lpthread -O2 -o $(exec).exe

最新编译fortran的代码见这篇：在Linux系统下Fortran和MKL环境的安装和设置。

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